回国后怎么办签证？
1. 留学签（在留）到期前一个月左右，去入国管理局办理延长在留手续； 2. 入境日本后，去居住地（学校所在地）的区役所办理入住手续、登记住址和住民票。如果住在宿舍或者学校的宿舍就不用管了，学校会负责帮你去办理这些手续的。
3. 在留在有效期内的90天内，去当地警察署办理居留许可。
4. 在留有效期满前至少三个月，开始办理再入国手续- 首先，填写“出国申请”，拿到“出国申请书副本”。这个申请书是必须本人亲自前往户口所在地派出所或出入境管理部门办理的，一般需要准备三张白底的照片以及户口本复印件等。所以，如果你是在读生的话，可以问问你们学校的国际交流科是否可以让其帮忙代开。因为一般大学都会和学校所在地区派出所保持联系。
其次，将填好的申请表，连同护照原件交回到入管局，等待批准。一般来说，只要不是旅游，商务等非长期就学类型的签证，基本上都会被批准的。 再其次，收到批准书之后，再去当地入国管理局领取再入国许可。
5. 再入国许可到手之后就可以安心准备出发回国的事情了。
6. 至于你担心的出境会被海关扣留的问题，应该不会发生吧。。。
7. 在国内办好签证后再回日本的话就很简单啦~ 不过对于在日本有长期滞留倾向的人来说，还是不要这样比较好哦！不然的话，万一被海关查出来你有隐瞒欺骗行为或是非法滞留的前科，可能就连中国也去不了了呢～ 希望我的回答能对你有所帮助^^